Микрокосм. E. coli и новая наука о жизни - Карл Циммер

Willenbrock, H., and D. W. Ussery. 2004. Chromatin architecture and gene expression in Escherichia coli. Genome Biol 5 (12):252.

Williams, G. C. 1966. Adaptation and natural selection. Princeton: Princeton University Press.

1999. The 1999 Crafoord Prize lectures. The Tithonus error

in modern geron- tology. Q Rev Biol 74 (4):405-15.

Wirth, T., D. Falush, R. Lan, F. Colles, P. Mensa, L. H. Wieler, H. Karch, P. R. Reeves, M. C. Maiden, H. Ochman, and M. Achtman. 2006. Sex and virulence in Escherichia coli: An evolutionary perspective. Mol Microbiol 60 (5):1136—51.

Wise, R., and E. J. Soulsby. 2002. Antibiotic resistance — an evolving problem. Vet Ree 151 (13):371-72.

Woese, C. R., and G. E. Fox. 1977. Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: The primary kingdoms. Proc Natl Acad Sei USA 74 (11):5088—90.

Woldringh, C. L., and N. Nanninga. 2006. Structural and physical aspects of bacterial chromosome segregation. J Struct Biol 156

(2):273-83.

Wolf, D. M., V. V. Vazirani, and A. P. Arkin. 2005. Diversity in times of adversity: Prob- abilistic strategies in microbial survival games./ Theor Biol 234 (2):227-53.

Wolfe, A. J. 2005. The acetate switch. Microbiol Mol Biol Rev 69 (1):12–50.

Woods, R., D. Schneider, C. L. Winkworth, M. A. Riley, and R. E. Lenski. 2006. Tests of parallel molecular evolution in a longterm experiment with Escherichia eoli. Proc Natl Acad Sei USA 103 (24):9107—12.

Wright, Susan. 1994. Molecular politics: Developing American and British regulatory pol- icy for genetic engineering, 1972–1982. Chicago: University of Chicago Press.

Xavier, J. B., and K. R. Foster. 2007. Cooperation and conflict in microbial biofilms. Proc Natl Acad Sei USA 104 (3):876-81.

Zelaya, Ian A., Michael D. K. Owen, and Mark J. VanGessel. 2007. Transfer of gly- phosate resistance: Evidence of hybridization in Conyza (Asteraceae). Am fBot94 (4):660-73.

Zhang, W., W. Qi, T. J. Albert, A. S. Motiwala, D. Alland, E. K. Hyytia- Trees, E. M. Ribot, P. I. Fields, T. S. Whittam, and B. Swaminathan. 2006. Probing genomic diversity and evolution of Escherichia eoli 0157 by single nucleotide polymorphisms. Genome Res 16 (6):757-67.

Zhou, T. J.M. Carlson, and J. Doyle. 2005. Evolutionary dynamics and highly opti- mized tolerance. / Theor Biol 236 (4):438-47.

Zilinskas, Raymond A., and Burke K. Zimmerman. 1986. The gene- splicing wars: Reflec- tions on the recombinant DNA controversy. New York: Macmillan.

Zimmer, C. 2004. George C. Williams profile: Stretching the limits of evolutionary biology. Science 304 (5675):1235—36.

—. 2006. Did DNA come from viruses? Science 312 (5775):870—72.

2007a. Evolved for cancer? Sei Am 296 (l):68–74,75A.

2007b. Fast‑reproducing microbes provide a window on

natural selection. New York Times, June 26,2007.

Zinser, E. R, and R. Kolter. 2004. Escherichia eoli evolution during stationary phase. ResMicrobiol 155 (5):328-36.

Zorzano, M. P., D. Hochberg, M. T. Cuevas, and J. M. Gomez‑Gomez.

Reaction- diffusion model for pattern formation in E. eoli swarming colonies with slime. Phys Rev E Stat Nonlin Soft Matter Phys 71 (3 pt. 1):031908

Примечания

1

У бактерий этот процесс называется конъюгацией. При этом две клетки вступают в контакт и часть генетического материала из одной клетки («мужской») переносится в другую («женскую»), — Прим. ред.

2

Умеренные бактериофаги инфицируют бактериальную клетку, но не вызывают ее гибели. — Прим. ред.

3

РНК, в отличие от ДНК, вместо дезоксирибозы содержит рибозу. — Прим. ред.

4

Этот фермент называется РНК — полимераза. — Прим. ред.

5

В ДНК вместо урацила содержится тимин. — Прим. ред.

6

У — обозначение урацила. — Прим. ред.

7

Сидерофоры (греч. sideros — железо и phoros — несущий) — синтезируемые многими микроорганизмами низкомолекулярные вещества разной химической структуры, которые эффективно связывают железо. — Прим. ред.

8

ДНК — полимеразы. — Прим. ред.

9

РНК — полимеразы. — Прим. ред.

10

Топоизомераза. — Прим. ред.

11

Профаг — геном умеренного бактериофага, встроенный в бактериальную хромосому. Это латентная (скрытая) неинфекционная форма бактериофага. Он реплицируется одновременно с репликацией бактериальной хромосомы. — Прим. ред.

12

Включение этих процессов на полную мощность возможно только при условии отсутствия глюкозы. — Прим. ред.

13

Метильная группа — соединение одного атома углерода с тремя атомами водорода (СН3). — Прим. ред.

14

Метилирование ДНК — присоединение метальной группы к цитозину — модификация молекулы ДНК без изменения нуклеотидной последовательности. — Прим. ред.

15

Charles Darwin. On the Origin of Species by Means of Natural Selection or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life.

16

Палеонтологическая летопись — расположение остатков животных и растений, населявших Землю в прежние геологические эпохи, в осадочных пластах земной коры. Их последовательность позволяет вывести точный порядок филогенетического развития животных и растений. — Прим. ред.

17

Экспрессия генов — процесс передачи генетической информации, закодированной в ДНК, через РНК к белкам. — Прим. ред.

18

Дарвин Ч. Происхождение видов путем естественного отбора, или Сохранение избранных пород в борьбе за существование. Пер. К. А. Тимирязева. — М: Терра — Книжный клуб, 2009. — Прим. ред.

19

Кропоткин П. А. Взаимная помощь среди животных и людей как двигатель прогресса. — М: Либроком, 2011. — Прим. ред.

20

Промотор — участок оперона, расположенный между оператором (регуляторным участком, с которым связывается репрессор, препятствуя началу считывания гена) и структурными генами; отвечает за инициацию считывания гена. — Прим. ред.

21

Диаграмма Венна — схематичное изображение всех возможных пересечений нескольких (часто трех) множеств. — Прим. ред.

22

Бактериальные маты — сложные многовидовые и многослойные сообщества микроорганизмов. Играют большую роль в экстремальных экосистемах. Часто встречаются на дне водоемов или в прибрежной зоне.

23

Аэробные бактерии. — Прим. ред.

24

Системы секреции белков во внешнюю среду у бактерий отличаются механизмом доставки белковых молекул наружу. Секреторная система III типа доставляет их прямо в клетку — мишень через шприцеподобную структуру, состоящую из различных белков. — Прим. ред.

25

Конвергенция — эволюционный процесс, при котором возникает сходство между организмами различных систематических групп, обитающих в похожих условиях. — Прим. ред.

26

Соматостатин — гормон, синтезируемый поджелудочной железой и гипоталамусом. Подавляет секрецию ряда гормонов (в том числе и гормона роста), а также различных гормонально активных пептидов (в частности, инсулина). — Прим. ред.

27

Существуют так называемые нестандартные аминокислоты, обнаруженные в составе белков, которые не входят в список встречающихся у всех живых организмов 20 аминокислот; к примеру, к ним относятся 21–я и 22–я аминокислоты — селе- ноцистеин и пирролизин. — Прим. ред.

28

В декабре 2010 г. группа Кристофера Войта объявила о создании E. coli, способной «выполнить» на генетическом уровне логическую функцию NOR («не — или»), и о возможности соединения колоний E. coli в различные пространственные конфигурации, выполняющие другие стандартные логические операции. В октябре 2012 г. они получили клетку E. coli, способную не только выполнить логическую операцию AND («и»), но и «обработать» четыре разных химических входных сигнала и «выдать сообщение» в том и только в том случае, если на все четыре входа подана «логическая единица». — Прим. пер.

29

Группа, которую раньше относили к растениям и называли сине — зелеными водорослями, теперь переименована в цианобактерии и относится к классу Oxyphotobacteria, так как они имеют типичные прокариотические клетки. — Прим. ред.

30

Белки, контролирующие процесс синтеза мРНК (транскрипцию) путем связывания с определенными участками ДНК. — Прим. ред.

31

Американцы давно окрестили пищу, приготовленную из генно-модифицированных продуктов, едой Франкенштейна — Frankenfood. — Прим. ред.

32

Герберт Уэллс. Остров доктора Моро. Пер. Н. Морозова. — М: Молодая гвардия, 1956. — Прим. ред.

33

Экранизация (1971) одноименного научно-фантастического романа американского писателя Майкла Крайтона, опубликованного в США в 1969 г.