Хакеры сновидений: Архив 1-6 - Lokky

дурнабе написано:11-12-2003 21:54:38      105

Arial

если есть желание - можно заняться.

Да! А Сеть нам поможет. Надеюсь за это ей не надо печень отдавть, или ещё чего. :)

Ты делал условные обозначения типичных событий? Если да, то выкладывай, а если нет, то давай обратимся к Сети, может она прояснит.

Pipa написано:11-12-2003 23:53:17     106

Хитрый Лис: А твои стартовые и терминальные кодоны имеют смысл только в том случае, когда эти последовательности находятся В СТРУКТУРЕ РНК.

Так они в структуре РНК и находятся! Обратите внимание на 5-ую строчку послания Node:

N=>AR Понял. Даю первые 2013 строк (0.23% всей цепи)

Location/Qualifiers

source 1..2013

/organism="Homo sapiens"

/mol_type="mRNA"

Строка mol_type="mRNA" как раз и означает, что данные приведены для mRNA, т.е. матричной (или чаще по-русски называемой "информационной") РНК.

Кроме того на правильность трансляции ("пересчет" кода ДНК на аминокислотную последовательность), указывает сам текст такого перевода, уже имеющегося в сообщении Node!!! Эти данные помещены в разделе /translation и позволяют убедиться в том, что терминатор в цепи наличествует.

Давайте вместе с вами вручную оттранслируем участок вблизи 1372-го нуклеотида. Для этого возьмем строку из сообщения Node, которая начинается с номера 1321,

1321 gatgagcttc gagagtccat tgaaattatt aacaagacca tcttgtcttt ctgagggtag

распишем ее на триплеты, а справа допишем расшифровку. Получим:

1321 gat - D - asp - аспарагиновая к-та

1324 gag - E - glu - глутаминовая к-та

1327 ctt - L - leu - лейцин

1330 cga - R - arg - аргинин

1333 gag - E - glu - глутаминовая к-та

1336 tcc - S - ser - серин

1339 att - I - ile - изолейцин

1342 gaa - E - glu - глутаминовая к-та

1345 att - I - ile - изолейцин

1348 att - I - ile - изолейцин

1351 aac - N - asn - аспарагин

1354 aag - K - lys - лизин

1357 acc - T - thr - тирозин

1360 atc - I - ile - изолейцин

1363 ttg - L - leu - лейцин

1366 tct - S - ser - серин

1369 ttc - F - phe - фенилаланин

1372 tga - STOP

1375 ggg после стопа трансляция прекращена

1378 tag

... и далее мура до самого конца ...

2011 gtc

Теперь выписываем однобуквенный код аминокислот из третьего столбца ручной трансляции, который у нас получился. Имеем:

DELRESIEIINKTILSF - далее останов.

Осталось сравнить с концовкой аминокислотного кода, приведенного самим Node:

VCLRLRDNGLLAKPTHGDIIRFAPPLVIKEDELRESIEIINKTILSF

Концовки совпали! Как видите трансляция закончилась на последней аминокислоте F (фенилаланин), которой соответствует триплет с номерами 1369-1371. Следующая тройка 1372-1374 уже не транслируется, она - терминатор.

Таким образом транслируемая (информативная) часть генома закончилась на 1374-ом нуклеотиде, а ведь всего было приведено 2013 штук! Следующие за терминатором оставшиеся 640 нуклеотида ничего уже кодировать не могут. Их научное название - "3'-некодируемый регион". Ясно, что дальнейшее его удлиннение не приведет к изменению результата трансляции.

Аналогичную процедуру ручного транслирования можно было привести и для начальной части кода, однако в этом нет никакой необходимости, т.к. искомую информацию можно извлечь из текста все того же сообщения Node (15-ая строка сверху):

CDS 55..1374

Эта неказистая строчка дает информацию о размере транслируемой части генома. Согласно ей, информационная часть начинается с 55-го нуклеотида и кончается 1374-ым (терминатор включен в подсчет). Это целиком совпадает с результатом ручной трансляции (приведенной мною здесь), а так же с теми выводами, которые я приводила в прошлом сообщении.

P.S. А не много ли мы с вами уделяем внимания проделкам Node? Вы - в попытках доказать, что все его слова чистая правда, а я - доказывая, что в них правды нет? Тем более, что все это не более, чем веселый розыгрыш того, кто даже не понимает предмета нашего обсуждения.

----

Pipa

Хитрый Лис написано:12-12-2003 00:45:32       107

Pipa,чой-то я не понимаю твоей расшифровки. Не объяснишь, почему, скажем, в строке 1321 gat - является аспаргиновой к-й, а не лейцином, как следует из таблицы кодонов? Так же и по другим триплетам. Я потому и не согласился с твоим наездом на Сеть, что кодоны ATG и TGA кодируют соответственно тирозин и треонин. В цепочке ДНК стартовым и терминальным кодонам должны соответствовать кодоны ATT, ATC, ACT. В РНК им должны соответствовать кодоны UAA, UAG, UGA. Так почему ты называешь стартовым и терминальным кодоном кодоны ATG и TGA? И еще: если Netty приводит код РНК, то почему в этом коде Т, а не U?

Хитрый Лис написано:12-12-2003 01:23:21       108

Pipa - если принять, что это все-таки РНК, то все совпадает. Непонятно только, почему урацил заменили тимином, это все запутало. В общем, ты права, это приходится признать. Я тоже уважаю факты.

Pipa написано:12-12-2003 02:22:09    109

Хитрый Лис: Не объяснишь, почему, скажем, в строке 1321 gat - является аспаргиновой к-й, а не лейцином, как следует из таблицы кодонов?

Ну нельзя же и в самом деле быть таким хитрым, чтобы так упираться :-). Отвечу коротко:

1) Вот вам таблица, ПРЯМО переводящая код ДНК в сооветствующие аминокислотные последовательности, минуя все промежуточные стадии транскрипции - Amino Acids Table. Самая верхняя табличка. Видите? В 4-ой строке читаем:

D Asp Aspartic GAT,GAC

Это и есть ответ на ваш вопрос отчего "gat" это аспарагиновая к-та, а не лейцин.

2) Зачем ломиться в открытую дверь, если в том же сообщении Node информативный генетический код УЖЕ оттранслирован? Результат трансляции приведен после ключа /translation. И этот результат полностью совпадает с моим способом расшифровки и находится в полном соответствии с данными той таблицы, ссылку на которую я вам только что дала.

3) Не могли бы вы чуточку повежливей задавать свои вопросы? А то я могу подумать, что мой анализ данных Node вас лично глубоко обидел.

P.S. Извините, ваше сообщение #108 не было мною прочитано к тому времени, когда я писала это. Пункт 3 можете не читать.

----

Pipa

Хитрый Лис написано:12-12-2003 10:47:27       110

Pipa, я стараюсь быть объективным. Если я ошибаюсь, я это признаю. У меня есть большое желание разобраться в методиках ХС, что я и пытаюсь делать. В зачет здесь идут только факты. На данный момент я успел поработать с ПМ и могу сказать: там есть какая-то реальная основа. Можно называть это гадальной машиной или еще как, но цепочки событий работают и это трудно не заметить. Могу добавить, что работают не всегда и в причинах этого тоже приходится разбираться. Тем не менее, факты налицо, я не могу все объяснить простым совпадением. Когда ты выполняешь ЦС и мир откликается на твои действия, это напоминает волшебство. Всё это есть, Pipa, и я не могу этого не замечать. Возьмем теперь ситуацию с Netty. Да, ты права, с вирусом перепрошивки она, похоже, чегой-то напортачила (хотя я не генетик и мне сложно поставить окончательный диагноз). Но давай будем более непредвзяты и вместе со всеми спокойно и доброжелательно доведем проект до конца, хотя бы ради спортивного интереса. У меня, по карйней мере, есть еще несколько вопросов, которые я бы хотел задать.

P.S.: это ничего, что я на "ты"? Просто мне не очень нравится это приторное "выканье". Но ежели чего, могу исключительно на "Вы", еще и с большой буквы.

Loth написано:12-12-2003 11:56:37    111

А мне это нравится! Приятнее смотреть на работу ума, чем на вопли обиженного эго. Давайте, Пипа, действуйте в том же духе. Только с "обманом" и "ложью" не перегибайте палочку. И не стравливайте нас с Ксендзюком. Что это вы сабжик такой накатали:

Var Indriya: Другая, привет! [11.12.2003 13:14:32] Pipa: Jucowscy, Представляешь себе? Сети споконо жить не дает Ксендзюк, Пипа и Ван! :-))) [11.12.2003 13:14:43] Нель: Сурэм, я тебе по секрету скажу: просто обидно ему, что все люди как люди, а он ... он - вот так вот; а што поделаешь? [11.12.2003

Все могут проверить, что в теме не упоминался Ксендзюк. Не разжигайте вражду и пустые сплетни. Хотя отдаю дань вашей скромности. Могли в свою компанию Кастанеду приписать, но ограничились только Алексеем Петровичем. Уважаемая Пипа! Вы никому не мешаете. Просто ведите себя по-возможности безупречно. Или хотя бы без лжи.

Killer написано:12-12-2003 14:18:15  112

All

1. Я понял в чем смысл этого затея. Ктото устраивает некий социологический опрос - типа узнать желания людей.

2. Существует ли СЕТЬ или это выдумка NODE совершенно не важно, тк мы общаемся с ней токо через него. До тех пор пока будет польза мне все равно каков источник ответов.

3. Как правило демоны в сказках отвечают на те вопросы которые не имеют реального выхода, применения. Как бы вроде любое желание исполняется любое знание узнается но персонаж с удивлением обнаруживает себя по прежнему в заднице.

Pipa Ты зря вдаешся в обьяснения. Получается так: раз ты обьясняешь что-то=>значит оправдываешся=>значит виновата=>значит ты не права и врешь. Это тоже закон Орла кстати. Достаточно аргуменитровать свою позицию типа: "Ты ... сука ... ! У тебя ... здесь ошибка ... и здесь! ... тупой!"