С нами или без нас: Естественная история будущего - Роб Данн

краев) концентрация антибиотика была достаточно высокой, чтобы убить что угодно: она превышала смертельную для кишечной палочки в 3000 раз в случае с триметопримом и в 20 000 раз в случае с ципрофлоксацином. Именно это разделение экспериментального пространства на полосы напомнило мне реку Миссисипи близ Гринвилла. Полосы с антибиотиками – это дамбы, а центральная полоса – город Гринвилл или, если помыслить шире, все человечество, защищенное антибиотиками от реки бактерий-паразитов.

Рис. 10.1. Мегачашка, разработанная Майклом Баймом, Тэми Либерман и Роем Кишони.

Изображение: Нил Маккой, на основании более ранней версии Майкла Байма и соавторов

Бактериям-мутантам, пробирающимся к центральной полосе, сначала пришлось развить устойчивость к минимальной концентрации антибиотиков. Затем, чтобы справиться со следующим уровнем концентрации, им пришлось приобрести новые, дополнительные мутации. А потом им потребовалось повторять это снова и снова, наслаивая одни мутации на другие, пока обновляющийся набор генов не позволил им наконец добраться до центра чашки.

Рис. 10.2. Миссисипи и излучины, которые она проложила до того, как ее русло подправили и ограничили дамбами. Эту реку до сих пор, как и прежде, отличают непостоянство и изменчивость.

Карта: Гарольд Фиск, Инженерный корпус армии США, 1944. Опубликована в рамках геологического исследования аллювиальной долины Нижней Миссисипи

Эксперимент с мегачашкой стал современной классикой эволюционной биологии; отчасти так получилось из-за того, что он как нельзя лучше демонстрировал динамику эволюции. В книге «Клюв вьюрка», замечательно описывающей эволюционные исследования на Галапагосских островах, Джонатан Уинер писал:

Чтобы изучать эволюцию жизни во многих поколениях, вам потребуется изолированная популяция, которая не убежит, с трудом будет смешиваться с другими, а смешавшись, не станет комбинировать изменения, возникшие в одном месте, с изменениями, появившимися в другом{155}.

Байм, Либерман и Кишони придумали и воспроизвели именно такие условия, обратив особое внимание на высказанные Уинером опасения по поводу смешивания и комбинирования.

В больницах и других местах, где часто применяются антибиотики, например на свиных и птичьих фермах, одним из путей, развивающих у бактерий устойчивость к ним, выступает обмен генами посредством своего рода «клеточной толкучки»; биологи называют такой обмен горизонтальным переносом. В ходе горизонтального переноса бактерии соединяются и обмениваются плазмидами – короткими кусочками генетического материала. Такое соединение может происходить даже между неродственными видами, которые так же далеки друг от друга, как коза и кувшинка. В результате этих спариваний появляются гибриды с новыми генами, способные выполнять новые задачи. Подобное соединение безостановочно происходит повсюду: прямо сейчас, пока вы это читаете, оно идет в вашем теле. Однако в начале эксперимента с мегачашкой его быть не могло. Ни у одной бактерии в эксперименте не было генов резистентности к триметоприму или ципрофлоксацину. Бактерии не могут обмениваться тем, чего у них нет.

Единственный путь, следуя которому бактерии в мегачашке могли выработать устойчивость, требовал случайных мутаций – таких изменений букв генетического кода, поколение за поколением, после которых какие-то из мутаций дали бы версии генов, позволяющие противостоять антибиотикам. У экземпляров с обновленными генами было бы намного больше шансов выжить в присутствии антибиотиков. Сама возможность этого походила на какое-то удивительное безумие, но на нем, собственно, и основана эволюция путем естественного отбора. Наш собственный геном эволюционировал (и эволюционирует) именно таким путем. Но он делал это очень и очень медленно.

На примере бактерий Байм, Либерман и Кишони надеялись увидеть стремительную эволюционную динамику, втиснутую в краткий временной интервал. У ученых были все основания допускать такую возможность. Для начала стоит вспомнить, что популяция бактерий в мегачашке была огромной: иначе говоря, даже притом что мутации у E. coli происходят редко (примерно одна на миллион делений), в мегачашке могло накопиться немало мутационных новаций. Кроме того, поколения E. coli в лаборатории сменяются примерно за 20 минут, позволяя естественному отбору вновь и вновь работать с полученными мутациями. Это означало, что чуть больше чем за сутки – за 31 час – Байм, который регулярно проверял мегачашку, мог наблюдать смену примерно 72 поколений, что сравнимо с изучением человеческой популяции на протяжении 2000 лет, начиная с Рождества Христова. За 10 дней перед ним могли пройти 7200 поколений, что было эквивалентно 20 000 лет у людей – периоду, начавшемуся с возникновения сельского хозяйства или даже еще раньше. Но, хотя 20 000 лет могут показаться значительным сроком, наш вид не претерпел за это время заметных изменений – ничего такого, что бросалось бы в глаза. С учетом сказанного сколько же времени могло потребоваться бактериям для выработки резистентности? Начиная опыты с мегачашкой, Байм, Либерман и Кишони предполагали, что на это уйдет месяц или больше – вплоть до года. Или же вообще несколько лет.

Однако вопреки ожиданиям времени потребовалось совсем немного. Результаты были видны очень хорошо, поскольку Байм подкрасил твердый агар в мегачашке черным цветом: на его фоне легко просматривалось, как делятся и распространяются белые E. coli.

В случае с триметопримом первую полосу мегачашки, в которой не было антибиотика, E. coli заполнили с легкостью. Они ели, опорожнялись и делились, затем переплывали дальше в поисках пищи и, заново повторив весь цикл, плыли дальше. Белые скопления их одноклеточных тел, что неудивительно, закрыли собой слой чернил. В это время, вероятно, появилось много мутантов, хотя никто из них не мог выжить в присутствии антибиотиков во второй полосе мегачашки. Пока экспериментаторы не наблюдали ни естественного отбора, ни спровоцированной им эволюции.

Но, вернувшись через несколько дней, Байм обнаружил несколько иную картину. Спустя примерно 88 часов появился первый мутант, способный выжить при минимальной концентрации антибиотика. В какой-то бактериальной клетке произошла необходимая для этого мутация. Потомство этой клетки стало стремительно заполнять вторую полосу на одной из сторон мегачашки. Оно превратило черные участки агара в белые. Затем на глазах у Байма во второй полосе независимым образом возникли другие мутанты. Едва появившись, они начали питаться, делиться и распространяться. В ускоренной перемотке бактерии, заполняющие вторую полосу и накрывающие черный агар, были похожи на бурлящую, вздымающуюся, пузырящуюся воду – на самое настоящее наводнение. Они демонстрировали ту же неумолимость и ту же силу, что и река.

В книге «Происхождение видов» Дарвин писал: «Выражаясь метафорически, можно сказать, что естественный отбор ежедневно и ежечасно расследует по всему свету мельчайшие вариации, отбрасывая дурные, сохраняя и слагая хорошие, работая неслышно и незаметно, где бы и когда бы ни представился к тому случай, над усовершенствованием каждого органического существа по отношению к условиям его жизни, органическим и неорганическим»{156}. В нашем случае Байм увидел работу естественного отбора не в масштабах геологического времени, но за считаные дни. «Мельчайшие вариации» возникали благодаря мутациям – изменениям, затронувшим всего лишь несколько пустяковых букв генома. И они оказывались благотворными – по крайней мере, когда антибиотик присутствовал лишь в малой концентрации. Причем, как предстояло убедиться Байму, естественный отбор еще не завершил свой «неслышный и незаметный» труд.

В последующие несколько дней мутации затронули меньшее число бактерий; эти новые изменения позволяли им выживать при более высоких концентрациях антибиотика. Естественный отбор благоприятствовал мутантам. Сначала они заполнили третьи полосы мегачашки, а затем то же самое повторилось и с четвертыми полосами. Возникли новые мутанты, с еще большей сопротивляемостью, они и заполонили четвертые полосы. Наконец, спустя полторы недели появилась горстка мутантов, способных выжить даже в центре мегачашки – там, где концентрация антибиотиков была максимальной. Они прорвали последнюю дамбу: всего за 10 дней центральную полосу гигантской чашки Петри наводнила устойчивая жизнь.

Байм изучил результаты эксперимента, обсудил их с Либерман и Кишони, а затем – как и полагается ученому – повторил все заново. И вновь бактериям хватило 10 дней, чтобы добраться до середины. Вслед за этим он повторил эксперимент с другим антибиотиком, ципрофлоксацином. На этот раз бактерии добрались до середины чашки и заполнили ее за 12 дней. Байм повторял эксперимент снова и снова, и каждый раз эти сроки оставались неизменными. При использовании разных антибиотиков результаты различались, но незначительно. Главное же состояло в том, что в обоих случаях у бактерий очень быстро развивалась устойчивость к предельно